Velká krypta se nachází pod dlažbou v západní části vysokého chóru. Je obdélného půdorysu a z osy chóru je posunuta směrem k jihu... Přístup jedno-ramenným schodištěm je situován již v ploše střední lodi před vítězným obloukem (v křížení transeptu). Hrobka je zaklenuta cihelnou klenbou se stlačeným záklenkem. Klenba je neomítaná. Pata klenby sbíhá na jižní straně až k podlaze, na severní straně pak na předstupující a zvýšené skalní podloží (cca 50cm nad podlahou)... V ose se nachází mělký obdélný výklenek s cihelnou zazdívkou, za nímž se nachází již zmíněný tunelový průkop z roku 1960, provedený bratry Kamarýtovými. Jejím středem vede chodník dlážděný kamennými deskami, po jehož stranách jsou vyvýšená pódia, na nichž jsou rozmístěny rakve s ostatky význačných osobností města Kolína. Obecní a Formandlovská hrobka jsou situovány v severní části ochozu, před sakristií. Obě hrobky jsou spojené krátkou chodbičkou, zaklenutou segmentovou cihelnou klenbou. V ní je situován čtvercový průlezný otvor velikosti dlaždice podlahy v ochozu. Chodbičku původně vyplňovalo dvouramenné protisměrné schodiště, které zpřístupňovalo obě hrobky odděleně...
    Západně od Formandlovské hrobky se nachází tzv. Obecní hrobka s protáhlou obdélnou dispozicí...
    Obě hrobky byly otevřeny v srpnu roku 1909 v rámci rekonstrukce chrámu, o čemž byl vyhotoven pamětní list. Znovu byla otevřena v listopadu roku 1961 bratry Kamarýtovými. Kosterní pozůstatky byly vyklizeny a malované rakve amatérsky restaurovány...      Šperlinkovská hrobka obdélného půdorysu se nachází v jihovýchodní části ochozu před stejnojmennou kaplí. Podélná osa je orientována ve směru jihozápad — severovýchod. Hrobka je dnes nepřístupná; vstupní schodiště od jihozápadu bylo zasypáno patrně již při pokládce dlažby nedlouho po polovině 19. století...
     Nepřístupná a zasypaná je hrobka Karla ze Žerotína a Paroubkovská hrobka. Obě se nacházejí v lodi — první před severním polopilířem v transeptu, druhá v jižní boční lodi. " (*13)
    "Velká krypta byla vybudována koncem 16. století jako pohřebiště význačných osobností. Z pozoruhodných pohřbů jmenujeme skupinu českých humanistů 16. století, mezi něž patří Matouš Hosius Vysokomýtský († 1589), překladatel „Kroniky Moskevské", kterou r. 1590 vydal jeho přítel Daniel Adam z Veleslavína. Dále je zde pohřben Jan Rosacius Sušický (t 1585), Mikuláš Alethin († 1586), královský rychtář Jan Pachta z Rájova († 1622), Matěj Jahódka Chrudimský, děkan podobojí, matematik a hvězdář (t 1604), děkan a spisovatel Jan Ant. Střebský († - 1706), dobrodinci města i chrámu radní Havel Rorejc († 1611) a Martin Petzorides, který jako student hájil Prahu proti Švédům († - 1690) a řada dalších. Poslední pohřeb zde byl roku 1780."(7) Když byla otevřena v r. 1960 bylo nalezeno padesát rozpadlých i zachovalých rakví, zdobených lidovou malbou.
    V roce 1960 a 1965 byla vykopaná sonda před oltářem, která nebyla zasypána.